為評估 SEC 流路中是否存在不銹鋼組件的影響，采用幾種系統或色譜柱組合對 mAb 樣品進行分析。結果顯示磷酸鈉在所有測試組合中均提供了令人滿意的分離性能，HMW 物質的回收率良好。當用乙酸銨代替磷酸鈉并降低流動相離子強度時，在流路中存在不銹鋼組件的情況下，分離效果會受到不利影響。色譜柱硬件的影響使得不銹鋼色譜柱與作為流動相的乙酸銨配合使用時，幾乎無法檢出 HMW 物質（如有）。當安裝帶 PEEK 內襯的色譜柱并使用 100 mM 乙酸銨運行時，HMW 物質重新出現。使用 50 mM 乙酸銨流動相（在 MS 靈敏度方面最有利）時，只有生物兼容性液相色譜系統與帶 PEEK 內襯的色譜柱的組合（右下色譜圖）能夠檢出 HMW 雜質，提供有用的結果。

圖 4 進一步示出儀器對峰寬和拖尾的影響。當應用 1290 Infinity II 生物液相色譜系統時，峰寬始終較小。將磷酸鹽流動相替換為與 MS 兼容的乙酸鹽后，峰拖尾也不會增加。另一方面，當不銹鋼液相色譜系統上的流動相改變時，峰寬和拖尾都會受到嚴重影響。降低流動相的離子強度會放大這種效應。

圖 6 顯示了維布妥昔單抗（一種半胱氨酸偶聯的 ADC）的 SEC/UV/MS 分析結果。由于輕鏈和重鏈僅由非共價相互作用維持，因此如果使用傳統的反相變性條件進行質譜表征是很難獲得完整蛋白水平數據。使用Native SEC-MS進行表征，解卷積的譜圖顯示了藥物分布和藥物/抗體比率 (DAR)，以及主要的糖型信息。