同一實驗室中，可能有不同型號的光學顯微鏡，因此管理人員應該將光學顯微鏡按型號分類。即使是同一型號的顯微鏡也因購買批次和使用時間的不同在性能和結構上有所差異，因而還要按購買時間對顯微鏡進行分類。在這兩種分類的基礎上對光學顯微鏡進行編號，貼上標簽。這樣有利于找出不同型號顯微鏡的特點，便于集中管理與維護。

創建設備管理信息系統，并按編號記錄顯微鏡的詳細信息，包括購買時間、型號、顯微鏡參數、使用狀態、出借信息等。這樣，每臺光學顯微鏡的使用、維護情況都有據可查，即便對于管理也能明確實驗室人員的責任。

定期集中檢查光學顯微鏡的性能：例如，檢查顯微鏡是否有載物臺自動下滑的情況，顯微鏡鏡頭是否有霧或者發霉，照明電路是否有損壞等。對于普遍出現的問題可以統一處理，如批量更換損壞的鏡頭等。

及時淘汰不適合教學需要：嚴重損壞或者超期使用的顯微鏡。光學顯微鏡超期使用會出現機械結構故障、鏡頭損壞、無法準確對焦等問題，如果不及時淘汰這樣的設備，會嚴重影響實驗進程，浪費教學時間。因此，需要根據實驗教學要求和顯微鏡性能制定購買計劃，投入必要的經費，及時更新設備。

合理安排:醫學高校不同課程需要不同性能的顯微鏡，而不同課程的學生人數又不盡相同，因此需要制定合理的實驗教學計劃，確保光學顯微鏡充分有效的使用。在確保光學顯微鏡足夠的前提下，盡量將使用相同性能顯微鏡的課程安排在連續的時間段，但要避免重疊引起的沖突，這樣可以避免光學顯微鏡的經常換所帶來的管理混亂。如果學校條件許可，在每個實驗室中不要安排交叉實驗，每個實驗室專門裝配一種顯微鏡可以簡化顯微鏡的管理。

規范操作：對光學顯微鏡的操作進行規范化管理，不僅可以避免儀器損壞，還可以培養學生良好的實驗習慣和技能，提高實驗和教學的質量。

實驗室先要制定顯微鏡操作規范，實驗教學人員在實驗開始前要向學生強調該規范，確保學生按照該規范進行操作。

強調細節，注意監督，發現問題，立即糾正：比如，切換物鏡時，學生有可能握住物鏡頭直接切換，而不使用轉換器，這樣可能造成物鏡光軸歪斜，使得物鏡與目鏡的焦點不在一條直線，影響觀察;或者，物鏡由低倍向高倍轉換時不注意從側面觀察接物鏡與載物臺間的工作距離，而造成標本玻片的壓壞甚至是鏡頭的損壞等。實驗教學人員要注意監督這樣的情況一經發現，立即糾正，并對全體學生強調，以防類似錯誤重復發生。