時下細胞研究很火的科研技術當屬單細胞測序,但此技術對細胞懸浮液的總量以及活性都有一定的要求,因此制備高質量的單細胞懸浮液成為實驗成功的關鍵點。
單細胞測序涉及的細胞類型多種多樣,如腸、肺、PBMC、胚胎、神經、乳腺、干細胞等,而其中樣本的處理消化亦是重中之重,樣本前處理與后續的分析結果有著莫大的關聯。如何在上機前得到非常優質的懸液呢?這里和大家分享一些制備優質單細胞懸液的小tips。
1、在樣本采集過程中,建議采用無菌樣品處理方式,包括使用不含核酸酶的試劑和耗材;
2、實體組織需要先處理,傳統組織處理方法有機械法,包括網搓法、研磨法。機械法一般適用樣本類型為脾臟、淋巴結、胸腺;另外較溫和的方法有酶解法(使用胰蛋白酶類、膠原酶、溶菌酶、彈性蛋白酶以及一些商業化包裝的組合酶),適用樣本類型有肝臟、腎臟、心臟、肺臟、脊髓、腦、腸道、皮膚、腫瘤等。
3、如果您使用的是10x Genomics相關儀器和平臺,可以從查看10x Genomics不同樣本單細胞懸液制備建議或者利用關鍵詞查詢與自己樣本類型相同的已發表的單細胞測序文獻。對于如何獲得高質量的樣品,10X公司建議在單細胞懸液制備過程中,細胞重懸的緩沖液選用無Ca2+、Mg2+和EDTA的1× PBS,并用0.04% non-acetylated BSA清洗兩次(300rcf,5min),選擇其他緩沖液或培養基可能會對結果產生不同程度的影響。
4、細胞在處理過程受到外界環境影響,其基因表達譜可能會出現一些變化;有些細胞對環境極為敏感,可能會死亡裂解,造成RNA降解從而造成檢測中的背景細胞升高,進而影響所獲得的數據質量。實驗過程中需要盡量避免細胞死亡,不斷優化細胞處理條件,加快實驗流程的進度,減小對細胞的影響。
5、單細胞懸液制備過程中出現的細胞團、細胞碎片或纖維等雜質會增加微流體芯片的堵塞風險。如果存在細胞碎片和大團塊,請將樣品通過 40 µm Flowmi 細胞過濾器,細胞懸液體積損失小。
圖源:10x Genomics 的Protocol《 Fresh Frozen Human Peripheral Blood Mononuclear Cells for Single Cell RNA Sequencing》
圖源:《10x Genomics®Single Cell Protocols——Cell Preparation Guide》
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