連續流動分析儀應用領域主要有：
(1)水質分析（飲用水、地表水、地下水、廢水和海水等） 
揮發酚、陰離子表面活性劑、總氮、總磷、氨氮、總凱氏氮(TKN)、硝酸鹽、亞硝酸鹽、磷酸鹽、硫化物、硫酸鹽、硅酸鹽、氯化物/氯、氯酸鹽、六價鉻、硼、尿素、甲醛、碳酸鹽、氟化物、COD(Mn)、TOC、PH值、鋁、銅、鐵、鈣、鉀、鈉、硬度、堿度等；
(2)農林類（土壤、植物和肥料等）
總氮、總磷、氨氮、總凱氏氮(TKN)、硝酸鹽、亞硝酸鹽、磷酸鹽、硫化物、硫酸鹽、硅酸鹽、氯化物/氯、硼、尿素、甲醛、碳酸鹽、氟化物、PH值、鋁、銅、鐵、鈣、鉀、鈉、蛋白質等
(3)酒類和食品分析（葡萄酒、啤酒/麥芽汁、飲料、奶制品、肉類和其他食品）
酒類&飲料：揮發酸、總/游離SO2、山梨酸、蘋果酸、乳酸、檸檬酸、酒石酸、酒精、總凱氏氮、總磷、總糖/還原糖、葡萄糖/果糖/蔗糖、CO2，苦度、氨基酸、苯酚、多酚、糖化力等。
奶制品&肉類：總氮、硝酸鹽、亞硝酸鹽、揮發酚、氯化物、CO2、PH值、電導率、葡萄糖/果糖/蔗糖、蛋白質、總糖/還原糖、尿素、丙酮酸鹽、總碳水合物、磷酸鹽、氯化物、硫化物等。
(4)煙草分析
總糖/還原糖、尼古丁、氯、總氮、揮發堿、六價鉻、硝酸鹽、亞硝酸鹽、磷酸鹽、淀粉、硫酸鹽、甲醛、鉀、山梨酸、揮發酚、氨基酸、檸檬酸、蘋果酸、葡萄糖、尿素、鉬、蛋白質等。
(5)其他行業(制藥、生命科學和清潔劑等)
制藥類：青霉素、鏈霉素、煙酸、總/還原糖、頭孢霉素、吡哆醇等
生命科學類：谷氨酸、乳酸、氨基酸、酒精、總凱氏氮、氯酸鹽、磷酸鹽、CO2、PH值、電導率、色度、酶糖、總糖、葡萄糖/果糖/蔗糖、谷氨酸鹽、甘油、蛋白質、肌氨酸酐等。
清潔劑：淀粉酶、磷酸鹽、蛋白質、硅酸鹽等。