Air蛋白質(zhì)純化系統(tǒng)要利用不同蛋白間內(nèi)在的相似性與差異，利用各種蛋白間的相似性來(lái)除去非蛋白物質(zhì)的污染，而利用各蛋白質(zhì)的差異將目的蛋白從其他蛋白中純化出來(lái)。每種蛋白間的大小、形狀、電荷、疏水性、溶解度和生物學(xué)活性都會(huì)有差異，利用這些差異可將蛋白從混合物如大腸桿菌裂解物中提取出來(lái)得到重組蛋白。
Air蛋白質(zhì)純化系統(tǒng)大致分為粗分離階段和精細(xì)純化階段二個(gè)階段。一般蛋白純化采用的方法為樹脂法。粗分離階段主要將目的蛋白和其他細(xì)胞成分如DNA、RNA等分開，由于此時(shí)樣本體積大、成分雜，要求所用的樹脂高容量、高流速、顆粒大、粒徑分布寬．并可以迅速將蛋白與污染物分開，必要時(shí)可加入相應(yīng)的保護(hù)劑（例如蛋白酶抑制劑），防止目的蛋白被降解。精細(xì)純化階段則需要更高的分辨率，此階段是要把目的蛋白與那些分子量大小及理化性質(zhì)接近的蛋白區(qū)分開來(lái)，要用更小的樹脂顆粒以提高分辨率，常用離子交換柱和疏水柱，應(yīng)用時(shí)要綜合考慮樹脂的選擇性和柱效兩個(gè)因素。選擇性指樹脂與目的蛋白結(jié)合的特異性，柱效則是指各蛋白成分逐個(gè)從樹脂上集中洗脫的能力，洗脫峰越窄，柱效越好。僅有好的選擇性，洗脫峰太寬，蛋白照樣不能有效分離。